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– Santé publique France surveille XDK, une variante recombinante de deux autres sous-lignées Omicron.
Voici le petit nouveau dans la famille Omicron : XDK. Détecté dans 20,6% des séquences interprétables au 11 mars, ce variant du coronavirus émerge en France depuis février. Ce serait un recombinant de JN.1 – actuellement majoritaire – et de XBB.1.16, deux autres sous-lignées d’Omicron. Alors que le Covid-19 semble avoir disparu des radars – 1 cas pour 100 000 habitants entre le 1er et le 7 avril –, faut-il craindre une nouvelle vague épidémique au printemps ? Attention à ne pas aller trop vite.
Premièrement, l’ensemble des données dont disposent les épidémiologistes et les virologues est très restreint par rapport au plus fort de la pandémie de Covid-19. Si XDK a bien été détecté dans un cinquième des tests positifs analysés en laboratoire, le nombre de séquences interprétables était limité à… 29 échantillons. « Ce faible nombre de séquences s’explique par le faible nombre de tests RT-PCR positifs ces dernières semaines », précise la dernière analyse de risque publiée vendredi 12 avril par Santé publique France. De quoi relativiser l’émergence de XDK en France.
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Un variant sous surveillance mais qui n’inquiète pas
Malgré la faible circulation du Sars-CoV-2 ces derniers mois, Santé publique France maintient néanmoins une surveillance fine une fois par mois dans une analyse de risque mise en ligne sur son site Internet. « En fait, à travers ces documents, nous envoyons avant tout un message aux journalistes et aux décideurs politiques : nous sommes capables de détecter très tôt les variants »confie à Capital Bruno Lina, chef du service de virologie à l’hôpital de la Croix-Rousse à Lyon et membre du Comité de surveillance et d’anticipation des risques sanitaires (Covars).
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Ainsi, les experts ont rapporté l’identification du XDK mais aussi d’un autre variant, BA.2.87.1, détecté en Afrique du Sud. Mais il ne semble plus circuler – seulement 9 séquences en provenance d’Afrique du Sud disponibles au 8 avril sur la base de données « Gisaid » qui regroupe les données relatives à la circulation du Covid et d’autres virus à l’échelle mondiale. De quoi éclairer les autorités sanitaires à l’approche des Jeux Olympiques et Paralympiques de Paris.
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Concernant le XDK, son émergence progressive en France ne devrait pas perturber la situation épidémiologique en France, selon Bruno Lina. « Nous devons évidemment le surveiller. Mais le plus probable est que nous n’en reparlerons plus dans un mois.», dit le virologue. Car à ce jour, les épidémiologistes ne sont pas certains que ce recombinant soit fondamentalement différent du JN.1, le variant majoritaire qui a provoqué la précédente – et modeste – vague épidémique de novembre et décembre 2023. « XDK a la même séquence que JN.1 dans la protéine Spyke. C’est un virus qui, du point de vue de la réponse immunitaire, se comporte de la même manière que JN.1. » Mieux, XDK aurait inclus un élément de XBB.1.16 qui réduirait considérablement ses chances d’obtenir un avantage sur JN.1. Pas de quoi changer radicalement les règles du jeu.
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