l’essentiel
FLiRT, sous-variante du SARS-CoV2 responsable du Covid-19, est apparue. Si elle ne provoque pas de formes graves, les virologues restent vigilants et surveillent de près son évolution.
Le professeur Jacques Izopet est chef du service de virologie au CHU de Toulouse. Son équipe suit l’évolution des variantes du virus SARS-CoV-2 depuis le début de l’épidémie de Covid-19.
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Quel est ce nouveau variant responsable de la reprise actuelle de l’épidémie de Covid ?
Régulièrement depuis la crise du Covid, des tests sont réalisés en laboratoire et des échantillons séquencés, pour déterminer d’éventuelles évolutions du SARS-CoV-2. Il s’agit de surveiller le génome cellulaire de ce virus, d’observer les mutations de ses protéines de surface et la façon dont elles interagissent avec nos anticorps. Le virus qui circule actuellement appartient toujours à la grande famille du variant Omicron, mais, sous ce variant, différentes lignées existent. Le virus actuel appartient à la lignée JN1 et à la sous-catégorie KP-2. On parle du virus FLiRT, en référence aux mutations observées dans ses protéines de surface.
Si la reprise épidémique est évoquée, c’est que sa proportion augmente régulièrement, avec actuellement entre 20 et 30% de prépondérance au niveau national. Toutefois, cette estimation reste approximative compte tenu du faible nombre de tests ; et il n’y a à ce stade aucune répercussion hospitalière en termes d’admissions de cas graves. On s’attend à ce que petit à petit le KP-2 atteigne 100 %.
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“Pas de formes graves”
Qu’est-ce qui le caractérise d’un point de vue clinique ?
Ce nouveau variant n’est pas associé à des formes plus graves et son pouvoir pathogène reste équivalent aux précédents. Ce qui détermine le pouvoir pathogène de ces virus, c’est l’hôte lui-même et l’immunité qu’il a développée à la suite de maladies antérieures et de la vaccination. La population dispose actuellement d’un bon niveau d’immunité ce qui explique l’absence de formes graves ; mais en l’absence de manifestations cliniques très marquées, il est néanmoins très important de surveiller le génome cellulaire de ces virus en laboratoire
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L’OMS ne considère plus le Covid-19 comme une pandémie mondiale, mais le risque d’une mutation sévère est-il toujours à craindre ?
Dans l’état actuel des connaissances, comme le virus circule beaucoup et que les vaccins sont largement utilisés dans la population, l’hypothèse d’un SARS-CoV-2 très virulent, qui générerait ce que l’on a vu par le passé, n’est pas retenue. L’immunité collective augmente, elle se renforce, ce qui éloigne aujourd’hui de l’émergence rapide d’un risque. Mais on ne peut évidemment pas se fier uniquement à la circulation naturelle du virus. Le vaccin reste une arme indispensable, notamment pour les personnes les plus vulnérables dès l’automne, période où l’on est confronté à une plus grande circulation du virus.
