Autrement dit, et en pratique clinique, ces virologues appellent à renforcer la sensibilisation aux risques, à renforcer la surveillance génomique et à mieux tracer les infections, via des tests de diagnostic précoce des contacts symptomatiques de ces patients. Plus généralement, ces recherches mettent en avant le risque d’émergence de nouveaux variants immunitaires évasifs du SARS-CoV-2 via des patients immunodéprimés et appellent à ne pas baisser la garde face au virus toujours en circulation.
L’étude Une étude de cas décrit l’évolution virale prolongée chez un patient infecté par le SARS-CoV-2 pendant 613 jours, infection qui a permis de nombreuses mutations et conduit
au développement d’un variant « hautement muté ».
À la connaissance de ces cliniciens, l’infection au COVID documentée correspond à la plus longue durée d’infection au SARS-CoV-2 jamais observée à ce jour, même si plusieurs études de cas ont rapporté des infections durant plusieurs centaines de jours.
Si des patients sains infectés par le SRAS-CoV-2 peuvent éliminer le virus en quelques jours, ou « au pire » en quelques semaines, ce n’est pas le cas des patients immunodéprimés. Ces derniers peuvent développer une infection persistante avec une réplication et une évolution virales prolongées. Certains experts émettent donc l’hypothèse que l’émergence initiale du variant Omicron provenait d’un individu immunodéprimé. Une autre hypothèse est celle des thérapies par anticorps monoclonaux et/ou de nouveaux antiviraux, qui, en exerçant une pression immunitaire ciblée, pourraient également favoriser l’émergence de variantes d’évasion immunitaire.
Le rapport décrit l’évolution virale chez un patient de sexe masculin immunodéprimé de 72 ans admis au centre médical universitaire d’Amsterdam en février 2022 avec une infection par le SRAS-CoV-2. En raison d’antécédents de greffe allogénique de cellules souches, ce patient était immunodéprimé. Le patient avait reçu plusieurs vaccinations contre le SRAS-CoV-2 mais n’avait aucun taux d’anticorps mesurable lors de son admission à l’hôpital. La surveillance génomique de routine a montré une infection par la variante BA.1.17 d’Omicron SARS-CoV-2. Il a reçu un traitement au sotrovimab, un anticorps contre le SRAS-CoV-2, au sarilumab, un anticorps anti-IL6, et à la dexaméthasone, sans réponse clinique.
- Le séquençage de suivi du SRAS-CoV-2 révèle le développement d’une mutation connue de résistance au sotrovimab S:E340K ;
- une infection prolongée a conduit à l’émergence d’une nouvelle variante immuno-évasive ;
- un séquençage complet de suivi du génome du SARS-CoV-2 a été réalisé, en cours d’hospitalisation, sur 27 prélèvements nasopharyngés, de février 2022 à septembre 2023. Ces analyses ont révélé
- plus de 50 mutations nucléotidiques par rapport aux variantes contemporaines de BA.1 circulant avec de multiples substitutions d’acides aminés, notamment sur le récepteur ACE-2 et certains sites de liaison ; plusieurs délétions ont été identifiées dans le domaine N-terminal de Spike,
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indiquant une évasion immunitaire.
- finalement, le patient est décédé des suites d’une rechute de son état hématologique après être resté positif au SRAS-CoV-2 avec une charge virale élevée pendant un total de 613 jours ;
- aucune transmission documentée du variant hautement muté n’a été observée à l’hôpital et dans la communauté.
Ce cas met en évidence le risque d’infections persistantes par le SRAS-CoV-2 chez les personnes immunodéprimées, l’émergence encore possible de nouveaux variants hautement pathogènes et la nécessité d’une surveillance génomique rigoureuse, en particulier des infections persistantes qui se développent chez les individus immunodéprimés.
Les auteurs nous encouragent, sans dramatiser, à ne pas baisser la garde, car les infections prolongées chez les patients immunodéprimés sont assez fréquentes.
