Cette coalition de « chasseurs de virus », comme elle s’auto-appelle, a déjà découvert toutes sortes de nouvelles maladies, depuis une maladie inhabituelle transmise par les tiques en Thaïlande jusqu’à l’apparition surprise en Colombie d’une infection transmise par des moucherons.
Surveillez les « méchants connus » et les « nouveaux »
« La liste des choses qui doivent nous inquiéter, comme nous l’avons vu avec la COVID-19, n’est pas statique », déclare Gavin Cloherty, un expert en maladies infectieuses qui dirige la Coalition de défense contre la pandémie d’Abbott. « Nous devons surveiller de près l’évolution des méchants que nous connaissons déjà, mais aussi celle des nouveaux qui apparaissent », dit-il.
Financée par le géant américain de la santé et des dispositifs médicaux Abbott, la coalition rassemble des médecins et des chercheurs du monde entier.
En découvrant de nouvelles menaces, la coalition donne à Abbott une longueur d’avance sur la conception des kits de test qui ont été au cœur de la réponse à la crise du Covid-19. Et le soutien d’un grand groupe industriel donne à la coalition des ressources importantes pour détecter, séquencer et combattre de nouveaux virus. « Lorsque nous découvrons quelque chose, nous pouvons très rapidement produire des tests de diagnostic à l’échelle industrielle », explique Cloherty. « L’idée est de contenir une épidémie, afin de pouvoir prévenir une pandémie. »
13 000 échantillons séquencés
Depuis sa création en 2021, la coalition a séquencé quelque 13 000 échantillons. En Colombie, elle a découvert une épidémie d’Oropouche, un virus transmis par des moucherons et des moustiques qui avait rarement été observé dans ce pays auparavant.
Les travaux phylogénétiques visant à retracer l’arbre généalogique de la souche ont révélé qu’elle était originaire du Pérou ou de l’Équateur plutôt que du Brésil, un autre point chaud. « On voit comment les choses évoluent. Du point de vue de la santé publique, c’est important », a déclaré Cloherty.
Un « cluster » mystérieux
Plus récemment, la coalition, des médecins thaïlandais, a découvert qu’un virus transmis par les tiques était à l’origine d’un mystérieux « groupe » de cas en Thaïlande. « À l’époque, nous ne savions pas quel virus était à l’origine de ce syndrome », explique Pakpoom Phoompoung, professeur associé de maladies infectieuses à l’hôpital Siriraj de Bangkok.
Les tests et le séquençage des échantillons de 2014 ont révélé que de nombreux patients souffraient d’un syndrome de fièvre sévère avec thrombocytopénie (SFTSV), une maladie qui n’avait été diagnostiquée qu’une douzaine de fois auparavant en Thaïlande.
La surveillance de ces types de menaces est de plus en plus nécessaire à mesure que le changement climatique élargit la gamme des maladies infectieuses dans le monde entier.
Réchauffement climatique et maladies
Le lien entre le changement climatique et ces types de maladies est bien établi et multiforme : des températures plus chaudes permettent aux vecteurs comme les moustiques de s’installer dans de nouvelles zones, des précipitations plus fortes créent davantage de zones de reproduction et des conditions météorologiques extrêmes obligent les gens à sortir à l’air libre, où ils sont plus vulnérables aux piqûres.
L’impact des humains sur la planète favorise également la propagation et l’évolution des maladies infectieuses d’autres manières : la perte de biodiversité force les virus à évoluer vers de nouveaux hôtes et peut pousser les animaux à entrer en contact plus étroit avec les humains.
L’analyse phylogénétique de la souche thaïlandaise SFTSV permet de mieux comprendre ces interactions complexes. Elle a démontré que le virus a évolué d’une espèce de tique à répartition géographique restreinte vers la tique asiatique à longues cornes, plus résistante.
Compagnie aérienne pour le virus
Cette évolution est en grande partie due à l’utilisation de pesticides qui ont réduit le nombre de tiques hôtes. Après avoir évolué, le virus a pu se propager davantage, en partie parce que les tiques asiatiques à longues cornes peuvent vivre sur les oiseaux, qui se déplacent plus loin et plus vite en raison, encore une fois, du changement climatique. « C’est comme s’ils étaient une compagnie aérienne », résume Cloherty.
Les conséquences du changement climatique sont omniprésentes, depuis les épidémies record de dengue en Amérique latine et dans les Caraïbes jusqu’à la propagation du virus du Nil occidental aux États-Unis.
La propagation mondiale du Covid-19 nous rappelle avec force les risques associés aux maladies infectieuses. Mais, déplore Gavin Cloherty, nous oublions rapidement cette leçon.
