On l’ignore souvent, mais notre microbiote intestinal, ou flore intestinale, n’est pas exempt de « mauvaises » bactéries et autres pathogènes. Escherichia coli (E. coli) et d’autres Klebsiella pneumoniae (responsables de pneumonies et d’infections urinaires) peuvent être présents dans notre tube digestif, mais à de faibles concentrations.
À fortes concentrations, en raison de la consommation d’aliments contaminés, ou d’une inflammation accrue, ces mêmes bactéries peuvent provoquer des maladies plus ou moins graves, voire mettre la vie en danger.
Il existe cependant des moyens pour éviter que ces bactéries pathogènes ne colonisent trop largement nos organes digestifs : en consommant plus de fibres.
C’est du moins ce qui ressort d’une nouvelle étude scientifique, publiée le 10 janvier 2025 dans la revue Microbiologie naturelle (Source 1). Les chercheurs rapportent avoir utilisé l’intelligence artificielle (IA) pour analyser la composition du microbiote de plus de 12 000 personnes, réparties dans 45 pays, à l’aide d’échantillons de selles.
L’équipe a ainsi identifié 135 espèces de microbes intestinaux, principalement des bactéries, qui protègent le microbiote des infections. Parmi les espèces protectrices se trouve le groupe des bactéries FaecalibactérieOMS produire des acides gras à chaîne courte en dégradant les fibres présentes dans les aliments que nous consommons (fruits, légumes, céréales). Ce sont ces composés qui protégeraient contre les infections liés aux entérobactéries pathogènes. Ainsi, manger davantage de fibres favoriserait les bonnes bactéries qui les dégradent, au détriment des mauvaises bactéries.
“Nos résultats suggèrent que ce que nous mangeons est potentiellement très important pour contrôler le risque d’infection par diverses bactéries, notamment E. coli et Klebsiella pneumoniae, car il modifie notre environnement intestinal pour le rendre plus hostile aux envahisseurs.», a déclaré dans un communiqué (Source 2) le Dr Alexandre Almeida, chercheur au Département de médecine vétérinaire de l’Université de Cambridge et auteur principal de l’étude. “En mangeant des fibres [présentes dans les] des aliments comme les légumes, les haricots et les grains entiers, nous pouvons fournir de la matière première à nos bactéries intestinales pour produire des acides gras à chaîne courte, des composés qui peuvent nous protéger contre ces microbes pathogènes», a-t-il ajouté.
L’étude révèle que la prise de probiotiques, censés apporter de bonnes bactéries en remplacement des bactéries à potentiel pathogène, ne serait pas aussi efficace que l’adoption d’une alimentation riche en fibres. On pensait auparavant que concurrence pour les ressources empêcherait les bactéries pathogènes de coloniser le tractus intestinal. Les auteurs de l’étude estiment que ce phénomène de concurrence n’est pas efficace et queil vaut mieux modifier le milieu intestinalnotamment via l’alimentation.
“Avec des taux plus élevés de résistance aux antibiotiques, moins d’options de traitement sont disponibles. La meilleure approche consiste désormais à prévenir les infections en premier lieuet nous pouvons y parvenir en réduisant les possibilités de croissance de ces bactéries pathogènes dans notre intestin», conclut le Dr Alexandre Almeida.
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