Au-delà des panels syndromiques, le « dépistage total »

Noscendo est une entreprise d’une cinquantaine de personnes, née en Allemagne en 2017, et construite à partir des travaux des docteurs Silke Grumaz, Philip Stevens et Kai Sohn sur le développement d’une plateforme complémentaire de diagnostic pour la détection de micro-organismes par séquençage de nouvelle génération (NGS ) de circulation d’ADN libre à partir d’échantillons de plasma de patients septiques. La solution DISQVER^® proposée aujourd’hui est donc née des avancées technologiques récentes : séquençage métagénomique et bioinformatique de nouvelle génération (capacité de calcul et algorithmes améliorés en parallèle d’un travail approfondi sur la qualification de la base de données clinique des pathogènes répertoriés).

Diagnostic numérique

Frédéric Vigier, responsable grands comptes France et Benelux, de Noscendo.DR

Ainsi, la solution de Noscendo est une plateforme numérique de diagnostic capable d’identifier 16 000 micro-organismes, dont 1 500 pathogènes. Le processus, une fois l’échantillon arrivé au laboratoire, prend 24 heures. ” Le résultat généré en comparant les données brutes aux contrôles de processus et à une population témoin non infectée est communiqué au biologiste en nombre de fois. lit standardiséprécise Frédéric Vigier, responsable grands comptes France et Benelux de la filiale Noscendo en France. Nous sommes aujourd’hui les seuls à proposer une technologie marquée CE-IVD pour la détection d’agents pathogènes sur sang total. »

Bien que l’utilisation de l’ADN libre circulant soit aujourd’hui bien développée en oncologie, elle est encore peu répandue dans le contexte des maladies infectieuses pour la recherche d’agents pathogènes. Ainsi, DISQVER® est une solution bioinformatique permettant l’identification du ou des pathogènes en cas de co-infection, au niveau de l’espèce, à partir de biopsie liquide (sang, liquide synovial ou lavage broncho-alvéolaire, entre autres). Il s’agit d’une technique agoniste qui permet la détection de bactéries, champignons, virus et parasites.

Pour quelles indications ?

« Aujourd’hui, la métagénomique par séquençage à haut débit (mNGS) va au-delà d’une solution de dernier recoursexplique Myriam Livrozet, Market Access Noscendo en France. Capable de détecter un large éventail d’agents pathogènes en une seule analyse, sans culture préalable ni influence des traitements en cours, là où les techniques ciblées telles que la sérologie ou les tests PCR peuvent échouer. Le mNGS représente un atout puissant dans le diagnostic des infections complexes, en cas d’agents pathogènes rares ou émergents, de culture fastidieuse ou non cultivable. Sa rapidité, sa précision et son caractère non invasif en font un complément essentiel aux méthodes traditionnelles, permettant aux cliniciens d’obtenir un diagnostic complet et fiable pour optimiser la prise en charge des patients.. »

Frédéric Vigier adds: “ Nous sommes également pertinents pour les cas où l’approche syndromique n’est pas possible, car il n’y a pas de syndrome évocateur, mais juste une fièvre d’origine inconnue ou une neutropénie fébrile. Nous pouvons alors écarter ou non le chemin infectieux et, si nécessaire, nous orienter vers le bon pathogène. À l’instar de la médecine personnalisée en oncologie, l’identification du pathogène responsable de l’infection permet l’utilisation de l’antimicrobien approprié.. »

Des limites ?

« Comme pour toute technique de diagnostic, il faut connaître ses limites », underlines Frédéric Vigier. His colleague adds: “ Notre solution ne donne encore aucune indication de résistance aux antibiotiques par exemple. Et sur la différenciation entre les espèces colonisatrices ou commensales des espèces pathogènes, on donne des indications, mais pour certaines espèces, c’est délicat. Cette indication est construite par des indices de quantification (nombre de lit) – nous avons défini des standards -, mais c’est au couple clinicien et biologiste de discuter des résultats au vu du contexte clinique. Notre solution bioinformatique efface cependant une grande partie du bruit de fond grâce à des groupes témoins de différents profils déjà mis en place (par exemple, patients immunodéprimés). »

Données solides, processus maîtrisé

Et la concurrence ? ” Aujourd’hui, de nombreux acteurs peuvent faire de la métagénomique. Nos points forts résident dans la solidité et la validité clinique de notre solutionexplains Frédéric Vigier. D’une part, notre protocole est rigoureusement encadré – une équipe d’ingénieurs se déplace pour former les équipes afin d’assurer la conformité et le contrôle optimal du processus de préparation des échantillons et de génération des données – et, d’autre part, notre base de données est privée et vérifié, ce qui garantit la fiabilité des résultats. En comparaison, de nombreux autres acteurs utilisent des bases de données cliniques publiques, pas toujours à jour et souvent peu documentées, notamment en matière myco- ou parasitologique. Nous avons désormais des années d’expérience et des milliers d’échantillons dans notre base de données, ce qui nous permet d’affiner davantage nos processus et méthodes.. »

« En Franceajoute Myriam Livrozet, Nous sommes heureux d’avoir été choisis par le service de microbiologie du CHU de Brest cette année. C’est une véritable marque de confiance et de reconnaissance pour notre solution. »

Développements projetés

Désormais présent en Allemagne et en France, Noscendo réfléchit actuellement à une extension au Royaume-Uni.

Pour la France, le coût des actes de diagnostic métagénomique peut être pris en charge dans le cadre du RIHN selon les indications des sociétés savantes.

De son côté, la société poursuit ses programmes de R&D, notamment pour explorer la possibilité d’identifier des résistances aux antibiotiques, ainsi que ses efforts pour se conformer à la réglementation CE-IVDR et l’extension des types d’échantillons validés. ” La difficulté réside dans l’obtention de suffisamment d’échantillons pour valider les études donnant accès à l’IVDRprécise Myriam Livrozet. Le passage à l’IVDR est un défi financier en raison du nombre d’études à réaliser pour déposer le dossier. »

La société reste également attentive aux évolutions techniques en matière de séquençage et aux nouveaux équipements mis sur le marché.