La pandémie est terminée, mais le coronavirus continue de muter. Aujourd’hui, ce sont les variants dits FLiRT qui dominent. Image: www.imago-images.de
De nouveaux variants du Covid ont commencé à fleurir dans nos régions. Les cas augmentent, mais restent à un niveau bas, et remettent également en cause la validité des autotests qui traînent dans vos placards depuis l’hiver dernier.
Suis-moiL’été est terminé, l’automne approche et les salles d’attente des cabinets médicaux se remplissent rapidement de patients qui toussent et qui reniflent. Mais il ne s’agit pas toujours d’un simple rhume. En effet, le nombre de cas de Covid-19, après une baisse temporaire en août, augmente à nouveau fortement – mais à un niveau encore faible.
Cependant, personne ne peut dire combien de personnes sont réellement infectées par le SARS-CoV-2, car il n’existe plus de campagnes de dépistage à grande échelle. En outre, depuis le début de l’année 2023, les coûts des tests Covid ne sont plus pris en charge par la Confédération. Quoi qu’il en soit, presque tout le monde en Suisse possède une certaine immunité de base contre le Covid-19, ce qui signifie que les développements graves sont devenus nettement plus rares.
Les nouveaux variants du virus dominent
Le Covid-19 n’est pas inoffensif. De nombreuses personnes infectées ne présentent qu’une forme bénigne et transitoire de la maladie, voire sont asymptomatiques. Mais le virus continue de provoquer des hospitalisations, des effets à long terme et même des décès. De plus, l’effet protecteur du vaccin s’estompe avec le temps et l’immunité acquise lors d’infections antérieures diminue également. Les personnes vulnérables sont de toute façon en danger. De plus, deux nouveaux variants du virus circulent, qui remplacent visiblement les anciens variants du SARS-CoV-2.
Voici un graphique de l’ETHZ pour la ville de Genève (GE).
Prévalence des variants viraux JN.1 (turquoise), KP.2 (brun foncé) et KP.3 (brun clair) de novembre 2023 à septembre 2024, selon les données des eaux usées. Entre-temps, les souches K.2 et encore plus K.3 dominent.Image : ETHz/eawag
Les nouveaux variants KP.3 et KP.2 sont des descendants directs de JN.1, à l’origine d’une grande vague de Covid l’hiver dernier, et proviennent, comme JN.1, de la grande famille des variants omicron. Ils appartiennent à un groupe de souches de SARS-CoV-2 appelé « FLiRT » ; cet acronyme désigne une combinaison de mutations dans la protéine Spike de ces virus. La protéine Spike permet au virus de s’arrimer aux cellules de l’organisme. Les changements provoqués par les mutations font que nos défenses immunitaires se lient moins bien à ces virus pour les neutraliser.
Cependant, il n’existe actuellement aucune preuve que ces variants provoquent des infections plus graves ou des symptômes différents de ceux des souches virales en circulation auparavant.
Représentation du SARS-CoV-2 avec la protéine Spike caractéristique. C’est ainsi que le virus se fixe aux cellules du corps. Image : Shutterstock
Les vaccins protègent-ils toujours contre les nouveaux variants ?
Les personnes entièrement vaccinées contre la maladie ou ayant été infectées par le virus possèdent des anticorps capables de neutraliser le virus. Cependant, cette immunité diminue avec le temps, car les souches virales mutantes, comme les variants FLiRT, sont plus susceptibles d’échapper à ces anticorps.
Une étude publiée en mai 2024 montre par exemple que le vaccin de rappel de 2023 a permis d’éviter environ la moitié des infections quatre semaines après la vaccination. Après dix semaines, la protection est tombée à environ un tiers de toutes les infections. La protection contre la progression grave de la maladie – l’objectif principal de la vaccination – diminue également, mais plus lentement : elle est passée de 67 à 57 % après dix semaines.
Il n’existe pas encore de vaccin adapté aux nouveaux variants. Les fabricants ont développé des vaccins actualisés pour cet automne et cet hiver, mais comme toujours, ils sont à la traîne par rapport au virus. Le vaccin actuel de BioNtech a par exemple été adapté au variant JN.1, qui dominait également en Suisse au premier semestre, mais qui a été remplacé par les variants FLiRT K.2 et K.3. Le nouveau vaccin devrait néanmoins offrir une meilleure protection que les anciens vaccins, car les variants K.2 et K.3 sont des dérivés du JN.1.
L’efficacité clinique des vaccins mis à jour ne pourra toutefois être évaluée qu’après leur utilisation, probablement pendant la saison actuelle du rhume et de la Covid, comme l’écrit l’Institut Robert Koch (RKI). L’expérience des années précédentes a cependant montré que les vaccins nouvellement adaptés étaient environ 10 % plus efficaces que les vaccins utilisés jusqu’à présent en comparaison directe.
Les tests Covid fonctionnent-ils toujours ?
Il existe deux principaux types de tests pour la détection du SARS-CoV-2 : le premier, appelé test PCR (PCR signifie « Polymerase Chain Reaction »), détecte le virus avec une précision de plus de 95 % et est donc considéré comme le « gold standard des tests d’angiographie coronaire ». La grande majorité des tests sont désormais effectués dans un cabinet médical ou une clinique ; l’évaluation est réalisée en laboratoire. Dans le cas du test PCR, un échantillon est prélevé sur les muqueuses des voies respiratoires et le matériel génétique du virus est amplifié par PCR, de sorte que même de minuscules quantités de matériel génétique sont suffisantes pour un test génétique.
L’autre type est un test antigénique, communément appelé test rapide, disponible en pharmacie sans ordonnance. Les tests antigéniques ne détectent pas les anticorps produits par la personne infectée, ce ne sont donc pas des tests d’anticorps. Ils détectent plutôt des protéines spécifiques dans l’enveloppe du virus. Ces tests sont relativement bon marché et peuvent être utilisés par des personnes non formées. Le résultat est disponible au bout d’environ 15 minutes. Ils sont cependant moins précis que les tests PCR, notamment dans la phase précoce d’une infection, lorsque la charge virale est encore faible, ou dans les cas d’infection asymptomatique.
Test rapide avec résultat positif. Les tests antigéniques sont moins fiables que les tests PCR.Image : NurPhoto
Jusqu’à présent, rien ne prouve que les tests antigéniques et PCR ne permettent plus de détecter de nouvelles souches du virus. Les premières études ont fourni des preuves limitées que les nouvelles variantes FLiRT sont également détectées. Pour les tests antigéniques, cela est dû au fait que la nucléocapside (protéine N) qu’ils détectent n’a pratiquement pas changé au cours des trois dernières années – contrairement à d’autres parties du virus qui ont subi de nombreuses mutations, notamment la protéine Spike.
Les tests basés sur la PCR, en revanche, sont régulièrement contrôlés par les laboratoires cliniques pour leur performance. De nombreux tests PCR détectent à la fois la protéine N et la protéine Spike, ils fonctionnent donc également lorsque la protéine S change en présence de nouveaux variants.
Les autotests de l’année dernière sont-ils toujours utilisables ?
Que faire des tests rapides de l’hiver dernier qui traînent quelque part ? Peut-on encore les utiliser ? En principe, si la date de péremption n’est pas encore atteinte, rien ne vous empêche de le faire. Les tests rapides comportent généralement deux dates : la date de fabrication et la date de péremption.
Si les autotests sont conservés correctement, ils peuvent être utilisés jusqu’à cette dernière date ; en règle générale, la durée de conservation est d’un an.
Les tests rapides ne doivent pas être conservés au réfrigérateur ; la différence avec la température ambiante a un effet particulièrement négatif sur le liquide de test. Image : keystone
Ce délai peut toutefois être raccourci si les tests sont conservés dans un environnement trop chaud ; les fabricants recommandent généralement une température de stockage comprise entre 5 et 30 degrés. Les tests ne doivent pas non plus être exposés à la lumière directe du soleil. Ils ne doivent pas non plus être conservés au réfrigérateur. En effet, lors de leur utilisation, il ne doit pas y avoir de grande différence entre la température ambiante et la température du kit de test, sinon les résultats peuvent être faussement négatifs. Les produits chimiques utilisés pour le test sont également sensibles, tandis que les cotons-tiges peuvent être conservés presque indéfiniment.
Les autotests périmés peuvent-ils encore être utilisés ?
Même si la date de péremption est dépassée, les tests rapides ne deviennent pas immédiatement inutilisables. Selon certains experts, s’ils sont conservés à température ambiante, ils se conservent encore deux à trois mois après la date de péremption, mais certainement pas plus longtemps. En revanche, Swissmedic déconseille l’utilisation de tests périmés, et d’autres experts ont tendance à le déconseiller. Surtout si vous soupçonnez sérieusement d’avoir contracté une infection. Dans ce cas, mieux vaut investir dans un nouveau kit de test pour être sûr de ne pas faire d’erreur.
