Une nouvelle étude internationale publiée dans la revue Cellule fournit de nouvelles preuves à l’appui de l’hypothèse selon laquelle le virus à l’origine de la pandémie de COVID-19 provient d’animaux sauvages vendus sur le marché de Huanan, dans la ville chinoise de Wuhan.
Ces nouvelles informations ne permettent toutefois pas d’éliminer définitivement le scénario d’une fuite du laboratoire de recherche présent dans la ville, qui n’est toutefois étayé par aucune donnée scientifique, précise le chercheur qui a dirigé cette étude.
Français Dans cette étude, les chercheurs ont réalisé une analyse approfondie de toutes les données génétiques disponibles : d’une part, celles obtenues à partir du séquençage d’échantillons environnementaux du marché de Huanan, c’est-à-dire des échantillons qui ont été collectés lors de l’échantillonnage des cages, des chariots, des tables, des portes et du sol du marché après sa fermeture au tout début de janvier 2020. Ces échantillons ont été soumis à un test PCR qui a détecté la présence du virus SARS-CoV-2 — responsable de la pandémie de COVID-19 — ainsi qu’à un séquençage métatranscriptomique, qui a consisté à séquencer tout le matériel génétique présent dans les échantillons pouvant contenir celui de virus, de bactéries, de champignons, de plantes, d’animaux ou même d’humains.
D’autre part, les chercheurs ont eu accès aux séquences génétiques de virus prélevés sur les premiers cas humains de COVID-19 en Chine et dans d’autres pays.
Parmi les données génétiques recueillies dans les échantillons environnementaux, les chercheurs ont identifié des fragments d’ADN correspondant à des séquences de référence dans les génomes d’animaux particuliers. Ils ont pu identifier plusieurs espèces animales présentes sur le marché, comme la civette, le chien viverrin, le rat de bambou et le porc-épic malais.
En plus de l’ADN de ces animaux, ils ont également trouvé la séquence du SARS-CoV-2. « Ces résultats sont compatibles avec l’hypothèse selon laquelle les animaux ont été infectés, mais nous ne pouvons pas le prouver », car il n’a pas été possible de prélever des échantillons sur les animaux sauvages en vente sur le marché, car ils avaient été évacués à la fermeture du marché.
« Nous ne pourrons jamais avoir de réponse définitive », affirme Florence Débarre, chercheuse à l’Institut d’écologie et des sciences de l’environnement de Paris, au Centre national de la recherche scientifique (CNRS).
Ces résultats suggèrent néanmoins que certaines de ces espèces animales étaient probablement des hôtes intermédiaires du virus – c’est-à-dire entre les chauves-souris, réservoir initial du virus, et l’homme. Selon les auteurs de l’étude, la civette et le chien viverrin figurent en tête de liste des espèces animales suspectes « parce qu’elles avaient été identifiées, avant même la pandémie de COVID-19, comme représentant un risque de transmission du coronavirus à l’homme, et aussi parce qu’elles ont été impliquées dans l’épidémie de SRAS en 2002 », souligne Mmoi Sortir.
L’hypothèse naturelle renforcée
L’analyse du génome des virus prélevés sur les premiers patients atteints de la COVID-19, ainsi que ceux trouvés dans des échantillons environnementaux, a également contribué à renforcer le scénario d’une origine naturelle au marché de Huanan, plutôt que celui d’un virus s’échappant du centre de recherche de Wuhan.
Les chercheurs ont confirmé que deux lignées du SARS-CoV-2 circulaient au début de la pandémie. Plusieurs des premiers patients, qui ont déclaré fréquenter le marché de Huanan pour faire des achats ou en tant que vendeurs, ont été infectés par des virus de lignée B. Quelques autres patients qui n’avaient pas eu de contact direct avec le marché ont été infectés par des virus de lignée A.
« Le fait que certains des premiers cas de COVID-19 n’étaient pas liés au marché a donné lieu à l’idée que l’épidémie aurait pu commencer ailleurs. […] « Et que le marché aurait joué le rôle d’amplification secondaire plutôt que d’être la Source initiale », rappelle le chercheur. Ce scénario semblait d’autant plus plausible qu’aucun virus de la lignée A – dont étaient porteurs ces cas sans lien avec le marché – n’avait été découvert dans les premiers échantillons prélevés sur le marché.
Ce n’est qu’en 2022 qu’il a été révélé que la lignée A avait été détectée dans un échantillon environnemental du marché par le Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies. « Avec cette nouvelle information, le scénario d’une origine du marché, qui était jusqu’alors un peu compliqué à expliquer, est soudain devenu simple et cohérent », note Mmoi Désarmer. De plus, « les patients qui ne fréquentaient pas le marché habitaient néanmoins à proximité de celui-ci. [Qui plus est]Les personnes qui s’étaient rendues au marché ont ensuite été en contact avec d’autres personnes, notamment dans les transports, et lorsqu’elles rentraient chez elles et revoyaient leur famille. Elles ont eu de multiples occasions de transmettre le virus – contracté au marché – à d’autres.
Toutes ces observations viennent-elles encore davantage ébranler l’hypothèse selon laquelle le virus proviendrait d’un laboratoire de recherche ? « La possibilité que la pandémie soit liée à des activités de recherche est une hypothèse légitime à considérer et que nous avons envisagée, mais nos conclusions scientifiques qui reposent sur une analyse de différents types de données ne vont pas dans ce sens », affirme M.moi Sortir.
Le scénario le plus plausible
« Je doute cependant que le débat soit clos. Les personnes qui sont fermement convaincues que l’origine [de la pandémie] « C’est l’affaire du laboratoire, je ne pense pas qu’on parviendra à les convaincre avec cette étude », admet lucidement le spécialiste en biologie évolutive.
« Notre étude apporte principalement des arguments qui sont en faveur du marché. Pour le laboratoire, c’est plutôt l’absence de données ; à part cela, [cette hypothèse] « L’hypothèse naturelle repose sur des conjectures pures. Alors que pour l’hypothèse naturelle, ce sont des données qui montrent que les premiers cas humains ont fréquenté le marché ou résidaient autrement autour du marché. C’est le fait d’avoir trouvé les deux premières lignées (A et B) du virus au marché. Et c’est le fait que, de tous les endroits de cette ville de 12 millions d’habitants, ce marché qui vendait des animaux sauvages est l’endroit le plus susceptible d’être une Source de transmission du virus des animaux aux humains », résume-t-elle.
« Nos résultats apportent ainsi des arguments en faveur de l’hypothèse selon laquelle les premiers cas humains auraient été infectés par des animaux vendus au marché. Aucun de ces arguments n’apporte en soi une réponse définitive, mais c’est leur convergence qui suggère qu’il s’agit d’un scénario très plausible. C’est du moins le scénario le plus simple qui puisse expliquer les données. Nous ne pouvons pas affirmer que c’est la vérité : il n’y a aucun moyen de le conclure. Mais compte tenu de l’état actuel des données, c’est ce qui est le plus simple et le plus compatible avec les données », soutient-elle.
