Une équipe de recherche internationale, dirigée par un scientifique du CNRS, révèle les espèces animales les plus susceptibles d’avoir servi d’hôtes intermédiaires au SARS-CoV-2, le virus responsable de la pandémie de Covid-19. Ces animaux étaient présents fin 2019 sur le marché de Huanan à Wuhan (Chine), épicentre de la pandémie.
Mars 2023. Florence Débarre, chercheuse CNRS à l’Institut d’écologie et des sciences de l’environnement, qui travaille sur l’origine de la pandémie de Covid-19, tombe « par hasard » sur une base de données contenant de précieuses informations sur le séquençage d’échantillons prélevés sur le marché d’animaux vivants de Huanan à Wuhan, épicentre de la pandémie de Covid-19. « J’espérais les voir apparaître un jour. Mais je ne m’attendais pas à les retrouver dans cette base de données », explique-t-elle.
Le chercheur originaire de la Creuse partage cette découverte avec plusieurs collègues intéressés par l’origine de la pandémie. « C’est le groupe avec lequel j’ai fini par collaborer qui a immédiatement commencé à télécharger et à analyser les données. » Leur étude, publiée dans la revue scientifique Cell le jeudi 19 septembre 2024, révèle les espèces animales qui auraient le plus de chances d’avoir servi d’hôtes intermédiaires au SARS-CoV-2, le virus responsable de la pandémie de COVID-19.
Les chiens viverrins et les civettes responsables
Au banc des accusés, on retrouve principalement des chiens viverrins et des civettes. Les premiers sont des canidés sauvages proches des renards et dotés de marques semblables à celles des ratons laveurs ; les seconds sont de petits mammifères carnivores proches des mangoustes et des hyènes.
Les chiens viverrins sont des canidés sauvages étroitement liés aux renards.
Pour arriver à ce résultat, les scientifiques ont analysé les données partagées par le Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies (CCDC), qui avait collecté plus de 800 échantillons sur les étals du marché après sa fermeture le 1er janvier 2020. Grâce au séquençage génétique des échantillons prélevés, les scientifiques ont mis en évidence la coprésence sur les étals du marché du matériel génétique du virus SARS-CoV-2 et de celui de certains animaux sauvages. Parmi eux, des chiens viverrins et des civettes. « Il s’agit d’espèces animales qui étaient déjà impliquées dans l’épidémie de SRAS il y a 20 ans et dont on savait qu’elles représentaient un risque de transmission du coronavirus à l’homme. Et on les retrouve à l’endroit où les premiers cas humains ont été retracés. C’est une coïncidence très notable ! »
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Autres virus zoonotiques sur le marché de Wuhan
En parallèle, les scientifiques étudient les génomes viraux des premiers patients atteints du Covid-19, afin de retracer l’évolution possible du virus. « Les humains, avec un début de symptômes en décembre 2019, se situent principalement autour du marché, et non ailleurs comme sur les campus du laboratoire de virologie de Wuhan. Ce n’est pas une preuve définitive que le marché en est l’origine, mais c’est un élément de plus dans une longue liste. » L’étude renforce donc encore l’hypothèse selon laquelle la pandémie aurait été déclenchée par l’introduction d’animaux infectés sur le marché fin 2019.
L’étude a également permis de découvrir d’autres virus zoonotiques sur le marché de Huanan, comme le virus de la grippe aviaire. « D’autres virus présents sur le marché présentaient des risques. Par exemple, un virus de la grippe aviaire, le H9N2, a été découvert dans un poulailler et a déjà infecté des humains. »
Une découverte qui souligne encore davantage le danger que représentent les marchés d’animaux vivants dans les grandes villes surpeuplées. « Cela nous montre que les situations où les humains sont en contact avec des animaux vivants, et en particulier des animaux sauvages, dans les centres urbains denses sont des situations à risque. »
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A noter que le rat de bambou et le porc-épic de Malaisie ont également été retrouvés dans des échantillons positifs au SARS-CoV-2.Nicolas Faucon
